Lincoln Burrows-t ( Dominic Purcell ) Fox Riverben „várja” halálos ítéletének végrehajtását. Ártatlanságában még a fia sem hisz, pedig állítja semmit sem követett el. Volt barátnője Veronica Donovan ( Robin Tunney ) ügyvédnő és testvére Michael Scofield ( Wentworth Miller ) építészmérnök jelenthetnek esélyt a menekülésére. Lincoln segítői azonban külön utat választanak. Veronica nyomozni kezd, és jog lesz a fegyvere. Michael nem követi ezen az úton, biztosra törekszik, már csalódott a jogrendszerben. Rendkívül összetett és kockázatos tervet készít, kiszabadítja bátyját a börtönből. Csak úgy sikerülhet, ha magát is börtönbe juttatja.

Az alaptörténetre nem mondható, hogy igazán eredeti, vagy forradalmi, de!!!

A cselekmény két fő szálon halad, amely Veronica legális és Michael illegális harcát mutatja be Lincoln életéért.